Syysöljykasveilla ei ole syksyllä tuholaisista juuri haittaa etanoita lukuun ottamatta. Syysmuotoisten kasvien kylvöä on syytä välttää lohkoilla, joilla etanoita esiintyy runsaasti. Kyntö vähentää tehokkaasti etanoita. Nurmen jälkeen ei suositella suorakylvöä etanariskin takia. Myös kokkareinen maanpinta houkuttelee etanoita. Etanoiden kemialliseen torjuntaan voi käyttää rautafosfaatti-valmistetta, ja lohkon reunojen käsittely voi usein riittää.
Peurat, kauriit ja jänikset voivat joskus aiheuttaa ongelmia syysöljykasvien taimille ennen lumen tuloa. Eläinten karkottamiseen voi käyttää mm. lippusiimoja eläinten kulkureiteillä.
Keväällä syysöljykasveilla ei ole kirppaongelmia ja rapsikuoriaisten ongelma on kevätöljykasveja vähäisempi. Rapsikuoriaiset lentävät syysöljykasveille vasta juuri ennen kukinnan alkua. Myös mahdolliset kaalikoiongelmat ovat syysöljykasveilla kevätöljykasveja vähäisemmät.
Vihreät valmistuvat lidut houkuttelevat joskus lintuparvia, jotka voivat tehdä pahaa tuhoa kasvustoissa. Lintuparvet voivat siirtyä syysrypsiltä syysrapsille ja sieltä edelleen kevätöljykasveille.
Rikkakasvien torjunta syksyllä on tärkeää, jotta vältetään niistä aiheutuvat talvehtimisongelmat. Rikat ja jääntivilja lisäävät kasvien keskinäistä kilpailua, minkä takia kasvit kasvavat liikaa pituutta ja eivät tukevoidu.
Syysrapsille suositellaan kuivamädän torjuntaan syysruiskutusta metkonatsolia tai tebukontsolia sisältävillä valmisteilla. Syksyinen ruiskutus noin nelilehtiasteella edistää myös kasvupisteen pysymistä maan pinnan läheisyydessä. Kasvupisteen pysyminen maan pinnan läheisyydessä edistää talvehtimista ja vähentää pakkasvaurioita.
Syysöljykasveilla pahkahomeen esiintymisriski on usein kevätöljykasveja pienempi. Torjunta tulee tehdä tarpeen mukaan vastaavilla valmisteilla kuin kevätöljykasveilla. Möhöjuuren torjumisen vuoksi öljykasveja ei tule viljellä samalla lohkolla useammin kuin 5. vuoden välein.
Lähteenä on käytetty osittain vyr.fi -viljelyopasta.